Masarykův onkologický ústav propojuje v projektu SALVAGE špičkový výzkum s klinickou praxí. Zaměřuje se na zlepšení prevence nádorových onemocnění, a to pomocí nových technologií, molekulárního výzkumu i personalizovaného přístupu ke zdraví. Podpora z OP JAK směřuje na modernizaci vybavení, výzkumnou činnost a mezinárodní spolupráci.

Ústav informatiky AV se ve svém projektu zaměřuje na vývoj a aplikaci počítačových neurovědních modelů dynamiky lidského mozku za účelem zlepšení léčebné praxe u psychiatrických a neurologických poruch. Projekt má výrazně interdisciplinární charakter. Zahrnuje neuropsychologické experimenty a experimentální nebo terapeutickou intervenci.

Vývoj nanomateriálů a průlomových technologií v oblasti ukládání energie je ústředním tématem projektu špičkového výzkumu Univerzity Palackého. Součástí projektu bude mimo jiné i vývoj nových materiálů pro antimikrobiální terapii a pro boj s bakteriální rezistencí vůči antibiotikům. Komplexní projekt zahrnuje i posuzování společenských dopadů a přijetí nových technologií ze strany veřejnosti.

Špičkový výzkum Akademie věd je v OP JAK zastoupen mimo jiné i projektem Ústavu experimentální medicíny. Hlavním cílem projektu je vytvoření a rozvoj excelentního výzkumného centra v oblasti léčebných metod regenerativní medicíny. Aktivity projektu cílí na obnovu poškozených tkání, které dosud není možné léčit, nebo je jejich regenerační schopnost omezená.

Filozofická fakulta UK realizuje humanitně orientovaný výzkum v oblasti zkoumání vztahu mezi odolností a konfliktem. Výzkum je pojat komplexně a zahrnuje mnoho vědních disciplín a spolupráci významných zahraničních partnerů. Veřejnosti chce přinést i výstupy použitelné v běžném životě.

Projekt Špičkového výzkumu Vysoké školy báňské – Technické univerzity Ostrava se zaměřuje na Materiály a technologie pro udržitelný rozvoj. Snižování environmentální zátěže a zlepšování životního prostředí jsou nosnými tématy jejich výzkumu. Rozvoj vědecko-výzkumných týmů a pořízení přístrojového vybavení z evropských fondů zde přispělo k řešení výzkumných úkolů na velmi vysoké vědecké úrovni.