Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích za podpory OP JAK inovovala vědecké výzkumné centrum CENAKVA. Komplexně vybavené výzkumné centrum nyní disponuje pokusnými rybníky, recirkulačními systémy pro chov ryb, akvaponickou halou a moderními laboratořemi. Evropské fondy přispěly k dosažení špičkové evropské úrovně výzkumu akvakultury v České republice.

Projekt Technické univerzity v Liberci je zaměřen na zkvalitnění vzdělávací infrastruktury doktorských studijních programů prostřednictvím rekonstrukce výukových prostor, modernizace a doplnění přístrojového vybavení, rozšíření hardwarového a softwarového vybavení. Cílem je dosáhnout kvalitativního zvýšení schopností a dovedností studentů doktorských studijních programů na TUL.

Filozofická fakulta UK realizuje humanitně orientovaný výzkum v oblasti zkoumání vztahu mezi odolností a konfliktem. Výzkum je pojat komplexně a zahrnuje mnoho vědních disciplín a spolupráci významných zahraničních partnerů. Veřejnosti chce přinést i výstupy použitelné v běžném životě.

Projekt Špičkového výzkumu Vysoké školy báňské – Technické univerzity Ostrava se zaměřuje na Materiály a technologie pro udržitelný rozvoj. Snižování environmentální zátěže a zlepšování životního prostředí jsou nosnými tématy jejich výzkumu. Rozvoj vědecko-výzkumných týmů a pořízení přístrojového vybavení z evropských fondů zde přispělo k řešení výzkumných úkolů na velmi vysoké vědecké úrovni.